1、準予辦理留抵退稅。對於符合退稅條件，且不存在公告所列情形的，稅務機關應在壹定期限內完成審核，並向納稅人出具準予留抵退稅的稅務事項通知書;
2、暫停辦理留抵退稅。對於符合退稅條件，但納稅人存在增值稅涉稅風險疑點，或存在未處理的相關涉稅事項等情形的，明確先暫停為其辦理留抵退稅;
3、如果風險疑點排除且相關事項處理完畢，仍符合留抵退稅條件的，稅務機關繼續為其辦理留抵退稅。
二、詳情分析：
如果風險疑點排除且相關事項處理完畢後，不再符合留抵退稅條件的，稅務機關不予辦理留抵退稅；如果在進行風險排查時，發現納稅人涉嫌增值稅重大稅收違法的，終止為其辦理留抵退稅。在稅務機關對納稅人涉嫌增值稅重大稅收違法問題核實處理完畢後，納稅人仍符合留抵退稅條件的，可重新申請辦理留抵退稅。
三、留抵退稅賬務處理：
增值稅壹般納稅人按規定計算的應收留抵退稅額，借記應收留抵退稅款科目，貸記應交稅費——應交增值稅(留抵退稅)科目，收到留抵稅額退稅時，借記銀行存款科目，貸記應收留抵退稅款科目。增值稅納稅人當期銷項稅額小於當期進項稅額不足抵扣時，其不足部分可以結轉下期繼續抵扣。結轉下期繼續抵扣的進項稅額就是增值稅期末留抵稅額。