員工檔案的建立應以紙質檔案為基礎。員工檔案的建立要從員工申請開始，到員工辦理錄用手續時正式建立。企業可以根據自己的公司人員情況，選擇按部門或按人員建立員工檔案。
法律依據:
《中華人民共和國檔案法》第二條本法所稱檔案，是指過去和現在的國家機關、社會團體和個人從事政治、軍事、經濟、科學、技術、文化、宗教活動直接形成的對國家和社會具有保存價值的文字、圖表、聲像等各種形式的歷史記錄。