《條例》提出，進壹步促進宗教和諧和社會和諧，規定縣級以上人民政府宗教事務部門應當依法管理涉及國家利益和社會利益的宗教事務；信教公民、不信教公民和信仰不同宗教的公民應當相互尊重，和睦相處；宗教堅持獨立的原則；任何組織和個人不得在不同宗教之間、同壹宗教內部或者信教公民與不信教公民之間制造矛盾和沖突。
同時，條例進壹步規範了宗教事務管理，提出了“保護合法、制止非法、遏制極端、抵禦滲透、打擊犯罪”的原則，加強了對宗教財產的監督管理，規範了互聯網上的宗教信息服務。