數字證書采用公鑰體制，即使用壹對匹配的密鑰進行加密和解密。每個用戶設置壹個只屬於自己的特定私鑰(private key)，用它來解密和簽名；同時設置壹個公鑰(public key)由本人公開，由壹組用戶享用，用於加密和簽名驗證。在發送機密文檔時，發送方使用接收方的公鑰對數據進行加密，接收方使用自己的私鑰對數據進行解密，使信息安全、正確地到達目的地。
並且通過數字手段保證加密過程是壹個不可逆的過程，即只能用私鑰解密。如果別人想破解，按照現在的計算機技術水平，至少要上千年。
所以從某種意義上來說，用電子簽名簽名的電子文件比簽字蓋章的書面文件要安全得多。