公司股東將備用金保留數年是違法的。

不違法。如果股東借款超過壹年未歸還，又不能證明用於生產經營，稅務會將其視為股息，按20%的稅率繳納個稅。公司股東掛備用金不違法。長期掛帳會造成其他應收款大量余額，造成稅務預警。備用金是企業、機關、事業單位或其他經濟組織撥給非獨立核算的內部單位或工作人員用於差旅費、零星采購、零星開支等的款項。