是否合法，要看實際情況再做決定；如果扣工資休年假是違法的。《職工帶薪年休假條例》第二條規定，機關、團體、企業、事業單位、民辦非企業單位和有雇工的個體工商戶的職工連續工作1年以上的，享受帶薪年休假(以下簡稱年休假)。單位應當保證員工享受年休假。員工在休年假期間，享受與正常工作期間相同的工資待遇。
法律客觀性:
《勞動法》第五十條規定，工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。