1，管理體系是壹個長期的文件，對於企業的規範化管理也是必不可少的。管理制度是針對整個企業的，是每個人的行為準則。
2、管理辦法是臨時性的文件，只是某壹件事或某壹部門發布的臨時性或短期的管理辦法。經過長時間的驗證，可能轉化為制度，也可能取消，針對壹個點，針對某些人或部門的行為準則。
法律依據:《動物檢疫管理辦法》
第壹條為了加強對動物檢疫活動的管理，預防、控制和撲滅動物疫病，保障動物和動物產品安全，保護人體健康，維護公共衛生安全，根據《中華人民共和國動物防疫法》(以下簡稱《動物防疫法》)，制定本辦法。
第二條本辦法適用於中華人民共和國境內的動物檢疫活動。