1.性質區別:海事局是政府設立的行政部門，負責水上交通安全、船舶防汙染等事務的管理和監督。港航局是政府機構，負責港航管理，承擔港口建設、航道維護、船舶管理等職責。
2.職責區別:海事局主要負責水上交通安全的監督管理，包括船舶安全檢查、水上交通事故調查、航行規則制定等。海事局還負責防止船舶汙染和促進海洋科學技術的發展。港航局主要負責港航管理，包括港口規劃、港口建設、航道維護、船舶管理、船舶進出港管理等。職責涉及港口設施的運營和管理、航運安全的監督、船舶的登記和審批等。