組織部門任命副科級幹部的程序是:單位向組織部門提交推薦幹部的意見；組織部門到單位考察幹部；向本單位主要負責人匯報初步建議後，在壹定範圍內聽取意見，完善初步建議。在此基礎上，由單位主要負責人確定幹部選拔任用工作方案。
法律客觀性:
《黨政領導幹部選拔任用工作條例》第十三條
組織(人事)部門綜合有關方面的建議和平時了解的情況，分析領導班子和領導幹部的議案，對選拔任用的崗位、條件、範圍、方式、程序、人選意向等提出初步建議。
個人向黨組織推薦領導幹部，必須負責任地寫好推薦材料並簽字。