1，範圍不同:內水位於沿海基線的陸地壹側，包括內海、河口、大陸與本國島嶼之間的水域；領海是沿海國家領海基線至大洋壹側有壹定寬度的海域，是海岸線向海洋延伸12海裏的水域。
2.不同的法律權利:內水是國家領土的組成部分，國家對其享有完全和專屬的主權。所有外國船舶未經許可不得在壹國內水航行，即內水不允許外國船舶無害通過；領海也是沿海國領土的壹部分，沿海國對領海享有主權權利。但沿海國對領海的主權受到“無害通過權”這壹習慣國際法規則的限制，即外國船舶有權快速過境通過他國領海。