1，交換系統
北京證券交易所采用的公司制不同於上海、深圳證券交易所的會員制。科技創新板隸屬於上交所，在科技創新板已經實行註冊制。
2.不同的財務指標
北交所采用四套“財務+市值”標準(選其壹)；科創板采用五套“財務+市值”標準(選其壹)。
3、適合不同的行業和企業。
北交所的核心是服務“專精創新”的中小企業；科技創新板主要服務於符合國家戰略、突破關鍵核心技術、市場認可度高的科技創新企業。
二、北交所的重點和亮點
(A)北交所依賴但獨立於全國股份轉讓系統。
北交所離不開全國股份轉讓系統。
根據《股份轉讓公司管理辦法》的規定，全國股份轉讓系統公司是全國股份轉讓系統的直接運營機構；根據《中華人民共和國公司法》等相關法律法規，股東和公司是獨立的。全國股轉系統公司是北交所的法人股東，北交所和全國股轉系統公司相互獨立，自主經營。
北交所是整體譯選層的基礎制度，證券發行註冊制同步試點。
(B)北交所的定位是為更廣泛的中小企業服務。
北京證券交易所從創新層服務上市公司，服務對象規模比滬深交易所“早、小、新”。北京證券交易所和股轉系統(基礎層+創新層)的結合補充了壹個中間步驟，為這些企業的發展提供了壹個跑馬場和真正的訓練場。對於很多企業來說，北交所的路線是壹個不錯的選擇。更準確的說，“專精新銳”加北交所的路線是最好的選擇。