根據《中華人民共和國執業醫師法》第三十九條規定，未經批準擅自設立醫療機構或者非醫師行醫的，由縣級以上人民政府衛生行政部門予以取締，沒收違法所得、藥品和器械，並處10萬元以下罰款；吊銷醫師執業證書；給患者造成損害的，應當依法承擔賠償責任；構成犯罪的，依法追究刑事責任。根據《刑法》相關規定，未取得執業醫師資格的人員非法行醫，情節嚴重的，處三年以下有期徒刑、拘役或者管制，並處或者單處罰金；嚴重損害患者健康的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處罰金；致人死亡的，處十年以上有期徒刑，並處罰金。未取得醫師資格，擅自為他人實施避孕復通手術、假避孕手術、終止妊娠手術或者宮內節育環取出術，情節嚴重的，處三年以下有期徒刑、拘役或者管制，並處或者單處罰金；嚴重損害患者健康的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處罰金；致人死亡的，處十年以上有期徒刑，並處罰金。
我國刑法第336條第1款也規定，非法行醫罪的刑罰分為三個量刑幅度。壹是“情節嚴重的，處三年以下有期徒刑、拘役或者管制，並處罰金”；二是“嚴重損害患者健康的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處罰金”；第三，“致人死亡的，處十年以上有期徒刑，並處罰金。”
對於高比例使用無資質醫師的醫療機構，法律明確規定，取締診療場所，沒收違法所得、藥品和器械，並處10萬元以下罰款。但現實中，對於大中型醫院利用個體人員非法行醫的行為，法律並未明確如何處理。壹般衛生管理機構可以責令其停業整頓，並視情節處以壹定數額的罰款。