行政訴訟時效關系到行政相對人能否獲得有效的司法救濟，因此成為行政訴訟當事人爭議的焦點。壹些學者和法官從保護相對人訴訟權利的角度提出，人民法院無權依職權主動審查起訴期限。這主要有兩個原因。第壹，從《行政訴訟法》第四十壹條規定的四項內容來看，起訴期限不是起訴的法定條件，人民法院在立案階段主動審查起訴期限是不妥當的。二是最高人民法院《關於執行〈中華人民共和國行政訴訟法〉若幹問題的解釋》(以下簡稱《若幹解釋》)第二十七條第壹款規定，原告逾期起訴，被告應當承擔舉證責任。這說明原告起訴是否超過起訴期限，屬於被告的抗辯權，人民法院不應主動審查。
追訴時效不同於民法中的訴訟時效。民事訴訟原告超過訴訟時效起訴的，不喪失起訴權，人民法院不應主動審查，但只要被告不放棄訴訟時效的利益，就喪失了勝訴的權利。起訴期限是行政訴訟的法定條件，人民法院應當依職權進行審查。如果人民法院在行政訴訟中不能審查起訴期限，就受理已經超過法定期限的起訴，勢必影響行政法律關系的穩定，造成行政秩序的混亂。
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