主要集中在海上救助、交通安全、防災與環境、治安方面，但實際上是海洋權益的維護(領海警備、海洋調查)。海上保安廳的職責相當於其他國家的海岸警衛隊、邊防隊等準軍事組織，人員編制約為1.2萬人，其中大部分是海上保安官。
日本海上保安廳的總部設在東京，包括海上保安廳長官、副長官以及警察和救援主管。下設總督察、行政部、裝備技術部、警察與救援部、交通部等五個職能部門，其中行政部主要負責公共關系、國際交流、人事管理、預算和財務。
裝備技術部主要負責船艇建造、飛機采購等裝備采購。警救部門主要負責海上治安、海上救助和防汙染；海洋信息部主要負責海圖測繪、航道測量、海洋觀測，提供海圖出版和保障航行安全所需的信息管理。
海上交通部主要負責實施航行安全措施，設置、維護和運行助航標誌。此外，保安部本部還直屬壹所海上保安大學和三所海上保安學校，負責海上保安人才的培養。
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