北京市疾病預防控制中心於2021年5月根據北京市委機構編制委員會關於市衛生健康委員會、市醫療局所屬事業單位改革的批復，在原北京市疾病預防控制中心、北京市預防醫學中心、北京市結核病控制研究所的基礎上，重新組建為北京市衛生健康委員會直屬壹級事業單位。
北京市疾病預防控制中心貫徹國家和北京市疾病預防控制的法律、法規和政策，制定全市疾病預防控制的專業規劃、技術方案、衛生標準和幹預措施，並組織實施。為北京市制定公共衛生法律、法規、政策、規劃和項目，組織實施全國和全市免疫規劃提供技術支持、情報信息、綜合判斷和建議。
北京疾病預防控制中心的任務
承擔北京市傳染病、慢性非傳染性疾病、學生常見病和病媒生物預防控制工作，開展疾病監測預警和疾病流行規律研究；承擔全市傳染病的溯源、調查和處置，以及突發公共衛生事件和災害的應急處置。
開展健康危害因素的監測和幹預，開展食源性、職業性、放射性和環境性疾病的監測、評價和流行病學調查，開展公眾健康和營養狀況的監測和評價，提出幹預策略和措施；承擔全市結核病防治工作；同時還肩負著首都重大政治、經濟、社會活動的公共衛生保障和首都生物反恐襲擊的應急處置任務。