三省是中央政府的最高中央機構，中書省是決策機構，即發號施令、起草和發布詔令，其長官是中書令。門下省是議事機構，負責審查政令、駁正、違損，其長官是石忠。尚書省是執行機構，負責執行重要政令，行政長官被稱為左右仆從。六部即尚書省下設的官、戶、禮、兵、刑、工六部，分別負責官員的考核任用、戶籍稅務、禮儀制度、軍政、法律、刑獄、水陸工程等等。部長就是部長。三省分權削弱了宰相權利，強化了皇權。三省六廳的職能分工明確，提高了行政效率，加強了中央的統治權力。
刑部主管司法監獄。懲罰部也被稱為秋官和憲法部。秋官來自李周，武則天將刑部改為秋官；憲部出自唐太宗天寶12年，刑部改為憲部。？刑罰部負責審查和批準各種法律，審查各地送交該部的刑事案件。刑部內設機構的設置方式是以省為單位設置部門。到了清代，各刑部除了劃分本省刑名外，有時還會接管外省和衙門的壹些文書收發和壹些日常政務。
此外，清朝還設置了監捕部、監秋審、監獄卒、南北監罪犯巡察、發獄服秋審部、各省及在審案件的減免部、收取犯人食品藥品的監堂、收繳在審贓款贓物、保管現金及部內被盜刑罰庫和掌。？