科研機構有:廣東省海洋生物學重點實驗室；廣東省數字信號與圖像處理技術重點實驗室；多學科研究中心；數學研究所。
？廣東省數字信號與圖像處理技術重點實驗室；
實驗室根據自身特點和優勢，瞄準電子信息技術發展趨勢，結合地方經濟特點和廣東發展需求，將信息科學與電子儀器、生命科學等應用學科有機結合，確定了新的發展方向。
數字信號與圖像處理技術重點實驗室重點研究新型信號處理方法與技術、現代醫學信息處理、超聲圖像處理技術、智能信息處理與控制，以及智能信息相關功能的開發。
？廣東省海洋生物學重點實驗室:
海洋科學院附屬海洋生物研究所，負責海洋與生命科學科研平臺建設和研究生培養。擁有廣東省海洋生物技術重點實驗室、國家貝類/藻類系統綜合實驗站、汕頭大學南澳臨海實驗站等科研平臺。
廣東省海洋生物技術重點實驗室已成為在國內外具有壹定影響力的從事海洋生物科學研究和人才培養的重要基地，廣東省首家省級海洋科學重點實驗室。
？數學研究所:
當時是中國高校為數不多的數學研究所，王子坤院士任首任所長。在學校和李嘉誠基金會的支持下，著名教授的加盟，汕頭大學數學學科發展迅速，科研水平和人才培養質量大幅提升，在國內外高校和同行中頗具影響力。
開啟了汕頭大學數學走向全國、走向世界的征程。數學所師資力量雄厚，競爭力強，在數學和交叉學科領域形成了幾個穩定而有特色的研究方向。