第二條本法適用於中華人民共和國境內的河流、湖泊、運河、渠道、水庫等地表水體和地下水體的汙染防治。
海洋汙染防治適用《中華人民共和國海洋環境保護法》。
第三條水汙染防治應當堅持預防為主、防治結合、綜合治理的原則，優先保護飲用水源，嚴格控制工業汙染和城市生活汙染，防治農業面源汙染，積極推進生態治理工程建設，預防、控制和減少水環境汙染和生態破壞。
第四條縣級以上人民政府應當將水環境保護納入國民經濟和社會發展計劃。
縣級以上地方人民政府應當采取防治水汙染的對策和措施，對本行政區域的水環境質量負責。
第五條國家實行水環境保護目標責任制和考核制，將水環境保護目標完成情況作為對地方人民政府及其負責人的考核內容。
第六條國家鼓勵和支持水汙染防治的科學技術研究和先進適用技術的推廣應用，加強水環境保護的宣傳教育。
第七條國家通過財政轉移支付方式，建立和完善飲用水水源保護區和江河、湖泊、水庫上遊水環境生態保護補償機制。
第八條縣級以上人民政府環境保護主管部門對水汙染防治實施統壹監督管理。
交通部門海事管理機構應當對船舶水汙染防治實施監督管理。
縣級以上人民政府水行政、國土資源、衛生、建設、農業、漁業等部門以及重要江河、湖泊的流域水資源保護機構，在各自的職責範圍內，對水汙染防治實施監督管理。