根據最高人民法院的司法解釋，在這種情況下，法院有權變更檢察院起訴的罪名。當然，這個問題是有爭議的。人民檢察院以甲罪向人民法院起訴，人民法院經審理認為，被告人的行為不符合甲罪，應當認定為乙罪，故以乙罪對被告人定罪量刑，根據相關法律規定，確認司法機關變更罪名，沒有程序性規定，這也是司法實踐中司法機關頻繁“擅自”變更罪名的立法依據。實踐中，司法機關的罪名變更包括檢察機關在審查起訴階段提出的罪名變更和人民法院在審判階段對公訴機關或自訴人提出的罪名變更。
法律依據
《中華人民共和國刑事訴訟法》第壹百七十三條人民檢察院審查案件，應當訊問犯罪嫌疑人，聽取辯護人或者當班律師、被害人及其訴訟代理人的意見，並記錄在案。辯護人或者當班律師、被害人及其訴訟代理人提出書面意見的，應當附卷。犯罪嫌疑人認罪認罰的，人民檢察院應當告知其享有的訴訟權利和認罪認罰的法律規定，就下列事項聽取犯罪嫌疑人、辯護人或者當班律師、被害人及其訴訟代理人的意見，並予以記錄: (壹)涉嫌的犯罪事實、罪名和適用的法律規定；(二)從輕、減輕或者免除處罰的建議；(三)認罪認罰後案件審理適用的程序；(四)其他需要聽取意見的事項。人民檢察院依照前兩款規定聽取值班律師意見的，應當為值班律師提前了解案件相關情況提供必要的便利。