行政公益訴訟與民事公益訴訟的主要區別在於其目的和訴訟對象的不同。
行政公益訴訟的主要目的是糾正行政機關在管理公共事務中的違法行為。比如，當行政機關不履行環境保護、公共衛生等職責時，公眾可以提起行政公益訴訟，要求行政機關履行職責。這類訴訟的原告通常是公民、法人或其他組織，被告是有關行政機關或其上級機關。
相比之下，民事公益訴訟的主要目的是維護公眾的利益。比如，當企業違法排汙，損害公共環境時，公眾可以提起民事公益訴訟，要求企業承擔相應的民事責任。這種訴訟的原告可以是公民、法人或其他組織，被告通常是直接損害公眾利益的行為人。
綜上所述，行政公益訴訟和民事公益訴訟都是為了維護社會公眾的利益，只是訴訟對象和目的不同。這兩種訴訟制度都是為了保護公眾的利益而建立的，但在實踐中，它們的適用和效果可能是不同的。
法律依據:
《中華人民共和國行政訴訟法》第十二條規定:“人民法院受理公民、法人或者其他組織提起的下列訴訟:……(四)行政機關認為侵犯其合法權益的；……"
《中華人民共和國民事訴訟法》第五十八條規定:“對汙染環境、侵害眾多消費者合法權益、損害社會公共利益的行為，法律規定的機關和有關組織可以向人民法院提起訴訟。”