1.制定行政法規和部門規章的機構不同；行政法規由全國人民代表大會和NPC常務委員會制定；行政法規由國務院制定；行政法規由國務院各部、各委員會和省級、設區的市、自治州的人民政府制定。
2.他們的法律地位不同；行政法規適用於全國；部門規章僅適用於部門職權範圍內的相關機構和人員；
3.從概念上看，兩者也有很大區別:行政法規的法律效力高於部門規章，部門規章由國務院制定並頒布，而部門規章需要由國務院和部門決定，部門規章不能違反行政法規的規定；
行政法規的主體是國務院。行政法規根據憲法和法律的授權制定。行政法規必須通過法定程序制定，具有法律效力。行政法規壹般以條例、辦法、實施細則和規定的形式制定。行政法規的頒布需要國務院總理簽署國務院令。其效力次於法律，高於部門規章和地方性法規。
法律依據:《中華人民共和國行政法規制定程序條例》第十壹條。
行政法規由國務院起草。國務院年度立法工作計劃確定由國務院壹個或者多個部門負責起草行政法規，也可以確定由國務院法制機構起草或者組織起草。