1.雙方應協商解決；
2.協商不成的，可以由衛生行政部門處理。醫療事故發生後，當事人可以向衛生行政部門申請處理。衛生行政部門對符合《醫療事故處理條例》規定條件的案件應當及時受理，負責醫療事故技術鑒定的醫學會應當組織鑒定。
3.訴訟和解。
處理合同糾紛的方法
處理合同糾紛的方式有:
1，和解，和解是指合同發生爭議時，雙方當事人可以再次協商，在尊重雙方利益的基礎上，就爭議事項達成壹致，從而解決爭議的方式。和解是當事人在自願的基礎上自由選擇的解決臺與臺之間糾紛的方式，而不是解決合同糾紛的必要程序。當事人也可以不經協商解決，直接選擇其他解決爭議的方式；
2.調解解決是指在第三方的主持下，通過說服教育，解決當事人之間的合同糾紛；
3.仲裁。仲裁是指合同爭議雙方根據爭議發生前或發生後達成的仲裁協議，將爭議提交仲裁機關裁決解決的方式。仲裁具有準司法性，仲裁機構作出的仲裁裁決具有法律效力，當事人應當履行；
4.訴訟:訴訟是指合同糾紛發生後，當事人沒有仲裁協議的，任何壹方都可以向人民法院提起民事訴訟，請求人民法院依法處理合同糾紛。
法律依據:《醫療事故處理條例》第三十七條。
發生醫療事故爭議，當事人申請衛生行政部門處理的，應當提交書面申請。申請書應當載明申請人的基本情況、相關事實、具體請求和理由。
第四十條
衛生行政部門不予受理醫療事故爭議處理申請和向人民法院提起訴訟；衛生行政部門已經受理的，應當終止處理。