在疫情防控期間，如果發生嚴重的雇傭糾紛，員工應當可以通過以下途徑維權:
1.發生勞動爭議，勞動者可以選擇向所在單位或者單位所在地的工會或者人民調解委員會申請調解；
2.勞動者也有權向人民政府勞動保障監察部門投訴，實施行政監察，解決勞動違法問題；
3.符合條件的勞動者也可以向當地司法行政部門法律援助中心申請法律援助，法律援助律師將作為代理人依法解決問題；
4.如果實在不得已，可以向單位所在地的勞動人事爭議仲裁委員會申請勞動仲裁，符合條件的也可以向有管轄權的人民法院提起訴訟。
法律依據:《中華人民共和國傳染病防治法》第四十壹條。
縣級以上地方人民政府可以對發生甲類傳染病病例的場所或者該場所內特定區域的人員實施隔離措施，同時向上壹級人民政府報告；接到報告的上級人民政府應當立即作出批準或者不批準的決定。上級人民政府作出不批準決定的，實施隔離措施的人民政府應當立即解除隔離措施。
隔離期間，實施隔離措施的人民政府應當為被隔離人員提供生活保障；被隔離人員有工作單位的，其工作單位在隔離期間不停止支付其報酬。
隔離措施的解除由原決定機關決定並公告。