1.員工擅自離崗三天是嚴重違反公司規章制度的行為，可以依據相關規定解除勞動合同，不給予經濟補償；員工擅自離職的，用人單位應當以書面形式送達通知，限定員工在規定時間內復工，並提出規定期限內不上班等處理措施；其次，員工擅自離職，達到辭退標準時，用人單位應將解除勞動關系的事項進行公示，並以書面形式向員工發出離職通知，通知其前來辦理交接和離職手續。
2.法律依據:《中華人民共和國勞動合同法》第三十九條
有下列情形之壹的，用人單位可以解除勞動合同:
(壹)在試用期內，被證明不符合錄用條件的；
(二)嚴重違反用人單位規章制度的；
(三)嚴重失職、營私舞弊，給用人單位造成重大損害的；
(四)勞動者同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出拒不改正的；
(五)因本法第二十六條第壹款第壹項規定的情形致使勞動合同無效的；
(六)被依法追究刑事責任的。
二、什麽情況下辭退員工不需要賠償？
1.員工在試用期內被證明不符合錄用條件的；
2.勞動者嚴重違反用人單位的規章制度的；
3.勞動者嚴重失職，營私舞弊，給用人單位造成重大損害的；
4.勞動者同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出拒不改正的；
5.勞動者被依法追究刑事責任的。