根據《勞動人事部、國家經委關於職工要求“停薪留職”問題的通知》的規定，“停薪留職”的時間壹般不超過兩年。在“停薪留職”期間，不升級或享受各種津貼、補貼和勞保待遇，因病、因工致殘基本喪失勞動能力者，可按辭職辦法處理。也就是說，雇主不能在員工無薪休假期間為其繳納社保費用。
停薪留職是勞動者與用人單位約定的壹種特殊勞動關系。根據通知，雙方要簽訂“停薪留職”協議，約定用人單位在此期間保持雙方的勞動關系和權利義務，這在法律上也是壹種勞動合同。所以，既然還存在勞動關系，雙方就有基於勞動關系的權利和義務，所以停薪留職需要繳納社保費用。
只是社保費用應該由誰來交，要看雙方的約定。可以約定用人單位全部繳納，員工全部繳納，或者自己承擔壹部分。但根據本通知規定，原則上，職工每月向原單位繳納的社保費金額壹般不低於本人原標準工資的20%。
風險提示:需要註意的是，社保費用由用人單位繳納。即使停薪留職協議規定所有社保費用由員工繳納，員工也應向雇主繳納費用，由雇主支付。從外部看，繳納社會保險的主體應該是單位，如果內部約定不明確，就會引發勞動爭議。