1.發生運輸合同糾紛時，應根據下列情況確定法院的管轄:
(1)運輸合同有約定的，根據運輸合同的約定確定法院管轄；
(2)運輸合同沒有約定的，由運輸合同履行地或者被告所在地法院管轄。
運輸合同是承運人將旅客或者貨物從出發地運送到約定地點，由旅客、托運人或者收貨人支付票款或者運輸費用的合同。運輸合同包括:客運合同、貨運合同和多式聯運合同。
2.法律依據:《中華人民共和國民事訴訟法》第二十四條
因合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。
第三十五條
合同或者其他財產權益糾紛的當事人可以通過書面協議選擇被告住所地、合同履行地、合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地等與糾紛有實際關系的地點的人民法院，但不得違反本法關於級別管轄和專屬管轄的規定。
二、如何處理運輸服務合同糾紛
運輸服務合同糾紛有四種處理方式。詳情如下:
1，和解，即雙方互相理解，與爭議部分溝通後達成* * *諒解。
2、協調，是指協調有關部門，澄清有爭議的部分，使爭議雙方都能解決爭議。
3.仲裁是指就爭議問題做出具有法律約束力的書面裁決。爭議雙方可以根據合同或者爭議發生後達成的書面協議，將爭議提交仲裁機構仲裁。
4.訴訟，這是解決糾紛的最終途徑。爭議壹方未在合同中約定仲裁條款，爭議發生後又未達成書面仲裁協議的，可以依法將爭議提交人民法院受理，由人民法院按照司法程序通過調查、判決和強制措施予以處理。