衛生主管部門是衛生健康委。以前衛生主管部門是衛生局，壹級是衛生部。後來機構改革精簡，不設衛生部，改設局級單位衛生健康委員會，下級省市也相應設立地方衛生健康委員會。衛生和健康委員會的職責仍然繼承了原衛生部的職能，其管轄範圍更廣。
衛生健康委下設以下職能部門:辦公室；人事部門；規劃、發展和信息化司；財務部；法律部；醫藥衛生體制改革司；疾病控制和預防部；醫務管理處；初級衛生部門；衛生應急辦公室；科學、技術、教育和國際合作部；總監督辦公室；其他人。
法律依據:
《中華人民共和國基本醫療衛生促進法》第壹條:為了發展醫療衛生事業，保障公民享有基本醫療衛生服務，提高公民健康水平，促進健康中國建設，根據憲法，制定本法。
《中華人民共和國基本醫療衛生與健康促進法》第七條:國務院和地方各級人民政府領導醫療衛生與健康促進工作。國務院衛生主管部門負責統籌協調全國醫療保健和健康促進工作。國務院其他有關部門在各自的職責範圍內，負責有關的醫療保健和健康促進工作。
縣級以上地方人民政府衛生主管部門負責統籌協調本行政區域內的醫療保健與健康促進工作。縣級以上地方人民政府其他有關部門在各自的職責範圍內，負責相關的醫療健康促進工作。