2.法律關系不同。特許連鎖中加盟商(總部)與加盟商(加盟商)的關系是壹種契約關系。雙方通過訂立特許經營合同確立關系，並通過合同明確各自的權利和義務。直營連鎖店總部與分店的關系由內部管理制度調整。
3.管理模式不同。特許連鎖(加盟連鎖)的核心是特許經營權的轉讓，特許人(總部)是轉讓方，加盟商(加盟店)是接收方。特許經營制度是由特許人和受許人簽訂特許經營合同而形成的。各加盟店的人事、財務關系相互獨立，特許人無權幹涉。在直營連鎖經營中，總部擁有所有分店，有權決定分店經營中的所有具體事務。分公司經理作為總部的員工，按照總部的意誌辦事。
4.涉及的業務領域不完全壹樣。直營連鎖的範圍壹般僅限於商業和服務業，而特許連鎖(加盟連鎖)的範圍要廣得多，除商業、零售、服務業、餐飲業、制造業、高科技信息業外，還廣泛應用於制造業。