在刑事訴訟中，國家安全機關管轄的是危害國家安全的刑事案件，即境外機構、組織、個人實施的，或者境內組織、個人與境外機構、組織、個人相勾結實施的危害國家安全的五種犯罪行為。國家安全機關辦理危害國家安全的刑事案件，行使與公安機關相同的職權。法律賦予公安機關偵查刑事案件的權力和手段，如拘留、執行逮捕、訊問犯罪嫌疑人、詢問證人、搜查、扣押與犯罪有關的物品、鑒定、勘驗、檢查等，國家安全機關在偵查中也享有。
公民和組織應當履行下列維護國家安全的義務:
1，遵守憲法、法律、法規關於國家安全的有關規定；
2、及時舉報危害國家安全活動的線索；
3.如實提供危害國家安全活動的已知證據；
4、為國家安全工作提供便利或者其他協助的；
5.向國家安全機關、公安機關和有關軍事機關提供必要的支持和協助；
6.保守已知的國家秘密；
7.法律、行政法規規定的其他義務。
綜上，任何個人或者組織不得實施危害國家安全的行為，不得向危害國家安全的個人或者組織提供任何經濟資助或者幫助。國家安全機關和公安機關辦理危害國家安全的刑事案件，應當按照國家規定劃分職權，各司其職，密切配合，維護國家安全。
法律依據:
《中華人民共和國刑事訴訟法》第四條
國家安全機關依法辦理危害國家安全的刑事案件，行使與公安機關相同的職權。