1，性質不同
港澳辦是國務院駐香港、澳門特別行政區辦事處的簡稱，隸屬於國務院。
聯絡辦是中央人民政府駐港澳聯絡辦公室的簡稱。
2.不同的權力
港澳辦代表國家最高權力，中聯辦的作用僅限於通訊新聞，相當於新華社的海外機構。
3、成立時間不同。
聯絡處成立於5月1947，港澳辦成立於8月1978+03。
4.不同的責任
港澳辦負責與香港、澳門特別行政區政府的相關工作聯系；對基本法實施中涉及的有關法律問題的研究提出意見；參與制定港澳中資機構管理政策；？就中央在港澳提出的有關問題提供意見、建議和工作協助。
中聯辦負責聯絡外交部駐香港特別行政區特派員公署和解放軍駐港部隊；聯系和協助內地有關部門管理在港中資機構；聯系香港各界人士，反映香港居民對內地的看法；處理涉臺事務。
以上內容參考百度百科-國務院港澳事務辦公室和百度百科-中央人民政府駐香港特別行政區聯絡辦公室。