1.公司勞動仲裁敗訴的後果如下:
(1)會面臨經濟損失，因為勞動仲裁案件基本都與經濟有關，裁決結果的通知會涉及雙倍工資、經濟補償金、賠償金或工資；
(2)會在壹定程度上影響企業的聲譽，因為勞動爭議的發生，在壹定程度上反映了企業的不規範或違反了勞動法律法規。
2.法律依據:《中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法》第二條。
本法適用於中華人民共和國境內用人單位與勞動者之間的下列勞動爭議:
(壹)因確認勞動關系發生的爭議；
(二)因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發生的爭議；
(三)因除名、辭退、辭職、辭職產生的爭議；
(四)因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓、勞動保護等發生的爭議；
(五)因勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償或賠償發生的爭議；
(六)法律、法規規定的其他勞動爭議。
二、申請勞動仲裁的流程是怎樣的？
申請勞動仲裁的流程是:
1.當事人提起仲裁的，仲裁委員會應當自勞動爭議發生之日起壹年內提出書面申請；
2.仲裁委員會應當自收到申訴書之日起五日內作出受理或者不予受理的決定；
3.仲裁庭應當在開庭五日前將開庭時間、地點的書面通知送達當事人。