1，質押方式不同。
存單質押是指借款人以貸款銀行出具的未到期的本外幣個人定期存單(與銀行簽訂擔保承諾協議的其他金融機構出具的存單也有抵押貸款)。
保證金質押是信貸業務中廣泛使用的擔保方式，是銀行控制風險的重要手段。借款人將款項存入在銀行開設的專用賬戶，並承諾將賬戶內的款項作為償還貸款的擔保。當借款人不履行債務時，貸款銀行有權直接從專用存款賬戶中扣劃存款用於償還貸款。
2.質押風險不同。
存單質押的風險在於質押是否有效成立，實現質押權利的方式能否保護債權人(質權人)的利益。
融資融券質押的法律風險主要來自兩個方面:壹是法律規定不完善帶來的風險，二是操作不規範帶來的風險。
擴展數據:
該司法解釋涉及的內容如下:
1.《最高人民法院關於適用(擔保法)若幹問題的解釋》第八十五條:“債務人或者第三人以專門賬戶、存款等形式指定其款項後，，就會轉移給債權人占有，作為對債權的擔保。債務人不履行債務時，債權人可以用該款優先受償。”
2.《最高人民法院關於人民法院能否對開立信用證的保證金采取凍結、扣劃措施的規定》(法釋[1997]4號)第壹條:
“人民法院在審理或者執行案件時，可以依法采取凍結開立信用證保證金的措施，但不得扣劃。當事人認為人民法院凍結、扣劃的某項資金屬於開立信用證保證金的，應當提供相關證據予以證明。
百度百科-存單質押
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