(1)侵權對象不同。雖然兩者侵犯的都是復雜客體，包括財產所有權，但貸款詐騙罪的客體主要是國家對銀行貸款的管理制度，而合同詐騙罪的客體主要是經濟合同的管理秩序，所以兩罪屬於刑法第三章第五節、第八節；
(2)犯罪對象不同。貸款詐騙罪的客體是銀行貸款，而合同詐騙罪的客體是對方當事人的財物；
(3)學科不同。單位可以是合同詐騙罪的主體，但不能是貸款詐騙罪的主體。
法律依據:《最高人民檢察院公安部關於公安機關管轄刑事案件立案追訴標準的規定(二)》第十四條國有公司、企業、事業單位直接負責的主管人員在簽訂、履行合同過程中，因嚴重不負責任被詐騙，涉嫌下列情形之壹的，應予立案追訴:
(壹)給國家造成直接經濟損失數額在50萬元以上的；
(二)導致有關單位破產、停業、停產六個月以上，或者被吊銷許可證和營業執照、責令關閉、撤銷或者解散的；
(三)致使國家利益遭受重大損失的其他情形。
金融機構、公司、企業從事對外貿易活動的工作人員嚴重不負責任，造成騙購外匯壹百萬美元以上或者逃匯壹千萬美元以上的，應予立案追訴。
本條所稱欺詐，是指對方當事人的行為已經涉嫌欺詐，並且立案起訴的前提不是對方當事人已經被人民法院判決構成欺詐。