執法部門查扣非法營運車輛時，壹般會出具處罰通知書和處罰決定書。如果拖延不處理，行政執法部門將通過法院強制執行。在規定的處理期限屆滿後，對違法車輛進行拍賣處理，拍賣所得用於支付違法罰款，超出部分返還車主。
法律依據
中華人民共和國道路運輸條例
第九條從事客運經營的駕駛員應當經設區的市級道路運輸管理機構考試合格，並具備相關客運法律法規、機動車維修和乘客急救基本知識。
第二十三條從事貨運經營的駕駛員應當經設區的市級道路運輸管理機構對相關貨運法律法規、機動車維修和貨物裝載保管基本知識的考試合格。
第六十三條違反本條例規定，未取得道路運輸經營許可，從事道路運輸經營的，由縣級以上道路運輸管理機構責令停止經營；有違法所得的，沒收違法所得，並處違法所得2倍以上10倍以下的罰款；沒有違法所得或者違法所得不足2萬元的，處以3萬元以上654.38+萬元以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。