航班服務從1996 2月1開始，使用波音737飛往蘇比克灣、伊洛伊洛和三寶顏。
4月6日1996，伊蘇-11飛機交付。該航空公司在1997運載了67.5萬名乘客，在1998運載了77.3萬名乘客。
1998年9月，航空公司停飛，隨後被U型陸公司收購。
1999年3月，菲律賓空軍批準其經營國際服務，抵達香港、日本、韓國、臺灣省和美國。
2001年5月，交付兩架波音737-300飛機。
2002年年中，包機從蘇比克灣飛往香港並灌洗。
到2002年，客運量將近8865438+萬。
包機於2004年7月開通，從蘇比克灣飛往廣州。
菲律賓航空公司大幅增加了與菲律賓航空公司(PR)的合作，包括航班時刻表和機票銷售。菲律賓航空運輸公司也在尼諾·阿基諾國際機場(馬尼拉)開設了櫃臺。雖然菲律賓航空運輸公司將正式停止“馬布海裏程”會員計劃，但前會員可以享受更低的機票和更多的優惠，像廉價航空公司壹樣運營。
菲律賓航空運輸公司還獲得了壹些地區和國際航空公司獎項，包括被菲律賓評為“最傑出的國內航空公司”和其他地區獎項。
2008年7月24日，菲律賓航空運輸公司進駐尼諾·阿基諾國際機場3號航站樓。
代號
國際民航組織代碼:GAP
國際航空運輸協會代碼:2P
呼號:東方太平洋