1.每滿壹年支付壹個月的工資補償；
2 .工作六個月以上不滿壹年的，按壹年的標準補償；
3 .工作不滿六個月的，支付半個月工資的經濟補償金；
4.月工資高於職工月平均工資三倍的，補償標準為職工月平均工資三倍，補償期限不超過十二年；
5.月工資的計算是根據前十二個月的平均工資。
處理公司拖欠工資的法律依據；
1.《中華人民共和國勞動法》規定了勞動者的合法權益和公司的義務；
2.《中華人民共和國勞動合同法》明確了勞動合同的履行和違約責任；
3.《中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法》提供了解決勞動爭議的途徑；
4.相關地方政府的規則和政策也將為處理拖欠工資問題提供具體指導；
5.最高人民法院關於勞動爭議案件的司法解釋，為審理欠薪案件提供了標準。
總結壹下，當公司拖欠員工工資超過三個月時，賠償方式包括:工作滿壹年的員工獲得壹個月的工資補償，超過六個月不滿壹年的按壹年計算，不滿六個月的獲得半個月的工資補償；月工資高於平均工資三倍的，按平均工資三倍計算，賠償上限為十二年；薪酬以過去十二個月的平均月薪為基礎。
法律依據:
中華人民共和國勞動法
第九十壹條
用人單位侵犯勞動者合法權益，有下列情形之壹的，由勞動行政部門責令支付勞動者工資和經濟補償，也可以責令支付賠償金: (壹)克扣或者無故拖欠勞動者工資的；(二)拒不支付勞動者延長工作時間工資的；(三)低於當地最低工資標準支付勞動者工資的；(四)解除勞動合同後，未依照本法規定給予勞動者經濟補償的。