直接費用包括設備費、材料費、檢測加工費、燃料動力費、差旅費、會議費、國際合作與交流費、出版/文獻/信息傳播/知識產權事務費、勞務費、專家咨詢費和其他費用。間接費用是指項目組織實施過程中不能在直接費用中列支的相關費用，主要包括依托單位為項目研究提供的現有設備和房屋，水、電、氣、暖的消耗，與管理費用相關的補助費用，績效支出等。
在預算執行過程中，對不按規定管理和使用項目經費、不按時提交年度收支報告、不按時編制項目決算、不按規定進行會計核算、截留、挪用或擠占項目經費的依托單位和項目負責人，按照《預算法》、《國家自然科學基金委員會條例》和《財政違法行為處罰處分條例》進行處理。涉嫌犯罪的，移送司法機關處理。