工程技術學院(以下簡稱承包方)於2000年2月10日與市建築公司(以下簡稱承包方)簽訂了建築工程承包合同。合同約定，建築面積5000平方米，六層，總造價330萬元；發包人提供建築材料指標，負責施工技術監督和施工中有關事宜的協商解決；承包人包工包料，主體工程及內外承重墻全部采用國標紅機磚，每層圈梁水泥加固，2001年2月27日竣工交付驗收；交付後6個月內如有嚴重質量問題，承包人應負責修復；工程款結算，開工前支付50%工程材料，主體工程完工後支付35%，驗收合格後結清全部余款；如延期竣工，承包人應按建設銀行的規定賠償延期交貨的違約金。
承包商按照合同規定的日期完成了工程。在驗收過程中，業主發現該工程二樓和五樓的所有內部承重墻都有多處裂縫，要求承包商在驗收前進行修補。承包商拒絕修理它們，認為這不會影響使用。兩個月後，雇主發現這些裂縫越來越大，每面墻都有4-5條縱橫方向不同的裂縫。最大的裂縫是1cm，最小的可以呼吸空氣，所以從這邊可以看到對面的墻。為此，發包人提出工程不合格，質量低劣，是危房，不能使用，要求承包人拆掉內部承重墻重新修建。承包商指出，裂縫屬於磚的質量問題，與施工工藝無關。雙方協商不成，發包方認為建設工程質量不合格，拒絕支付工程款。
問:妳認為這個案件應該如何處理？
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