水利工程系以服務全省水利高質量發展為重點，著力打造水利工程和水文兩個高水平專業群。現設有水利水電建築工程、水利工程、智能水利技術、建築工程監理、水文水資源技術、給排水工程技術、水利水電工程技術等7個專業。
其中，國家級、省級現代學徒制1，國家優質水利專業1。獲批校級精品課程17門，省級精品網絡開放課程9門，首批省級職業院校教師教學創新團隊1個，首批省級職業院校“雙師型”教師研修班1個。
擁有1個省級高層次專業群和1個首批省級區域職業教育產教融合實訓基地。是江西省職業學校水利專業建設指導委員會牽頭單位，江西省職業教育水利專業職業技能測試考試資源建設試點項目牽頭項目單位。各專業全日制學生近5000人。
學院創建於1956，前身為江西省南昌水利學校；歷經江西水利電力學院、江西水利電力學校、江西水利電力學校等幾個辦學時期；2013年2月，江西省人民政府批準成立江西水利職業學院，5月，教育部備案。
江西水利職業學院辦學條件:
2023年4月學校官網顯示，學校擁有23名特聘(客座)教授，建設了大師工作室，建設了江西省首批職業院校教師教學創新團隊，建設了江西省首批職業院校“雙師型”大師工作室。現有教職工418人，研究生及以上學歷199人，高級職稱63人，雙師型教師116人。
2023年4月學校官網顯示，該校水文水資源專業為國家優質水利專業，水利水電建築工程與動漫制作技術2個專業為省級高水平專業群建設項目，建築工程監理6個專業為江西省現代學徒制試點專業。