首先，確定監護權
離婚過程中，首先要確定孩子的撫養權。通常情況下，父母有撫養孩子的責任和義務。如果雙方都能承擔撫養責任，可以協商確定孩子的撫養權。如果壹方無力履行贍養責任，可以通過法律程序解決。
第二，協商支持事宜
確定撫養權後，雙方需要協商撫養權事宜，包括孩子撫養費、教育費、醫藥費等。如果雙方能達成壹致，可以簽訂協議，到民政部門辦理離婚手續。如果協商不成，可以通過法律程序解決。
第三，尋求法律援助
如果協商解決不了孩子撫養問題，可以尋求法律援助。法律援助機構可以提供法律咨詢和幫助，協助當事人維護合法權益。當事人可以向當地法律援助機構咨詢申請條件和程序。
總而言之:
處理丈夫入獄後兩個孩子的離婚，需要綜合考慮各方面因素，尤其是孩子的利益和合法權益。雙方應盡最大努力通過協商解決子女撫養問題，如不能達成壹致，可尋求法律援助。同時也要考慮孩子的成長和教育，盡可能給孩子創造壹個良好的成長環境。
法律依據:
《中華人民共和國婚姻法》第三十六條規定:“父母與子女的關系，不因父母離婚而消除。離婚後，孩子還是父母雙方的孩子，不管是不是父母直接撫養。離婚後，父母仍有撫養教育子女的權利和義務。”