(1)大壩加高，庫區擴大，被水庫水淹沒的土地和耕地增加，移民安置量增加。
(2)庫區及庫尾泥沙淤積加劇。
(3)大壩建設的技術難度和垮壩風險增加。由於新老混凝土彈性模量的差異，新老混凝土與壩體的界面應力受到內外溫差的不利影響，可能影響大壩的安全。
(4)生態環境破壞加劇。漢江水量減少，自凈能力不足，將加劇漢江水環境惡化，破壞漢江脆弱的生態環境，威脅水生生物生存。誘發滑坡、地震等地質災害的概率增加。
(5)對農業生產有不利影響。調水後，漢江幹流流量減少，水位不同程度下降，沿江引水閘站引水條件惡化，加劇灌溉用水供需矛盾。
(6)對航運的不利影響。由於水位下降，通航深度不足，影響了船舶的正常作業、停靠和裝卸，降低了航運效益，制約了航運發展。