首先要梳理違法情況的具體情況，即房屋的建設平面圖、建設時的土地使用情況、土地使用權證明文件、房屋的土地界線等信息，明確房屋的建設程序和屬性。根據這些情況，可以分別采取以下處理措施:
1.處理違章建築:如果裝修涉及違章建築或裝修，即房屋的建造或裝修不符合國家規定和標準，且未經土地管理部門批準，就要采取拆除或繳納罰款等措施。
2.建立合法性:如果房屋確實存在違法建設或改造的問題，但符合當地政策法規，可以通過辦理土地證、產權證等手續解決違法問題。
3.法律手段的運用:如果存在明顯的法律問題，而妳又拒不改正，可以通過司法程序解決，比如起訴、行政強制等。
總之，對於農村舊房的更新改造，要提前調查房屋的合法性，以及需要達到的規定和標準，及時辦理相關證明，避免出現違法問題。對於現有的違法房屋，應根據實際情況采取相應的措施，以達到合法化的效果。