1，農村自建房應當依法利用宅基地或者其他集體所有的建設用地建設，可以申請房屋登記；
2.申請人需提交身份證、戶口簿、土地權屬來源證明等相關材料；
3.國土部將派員進行實地調查，劃定鄰居界限，審核完善資料；
4.審核合格後，由國土資源局負責登記並頒發不動產權證書。
不動產登記的作用:
1.權屬證書:不動產登記是確認不動產權屬的法律依據，是權利人處分不動產的前提；
2.交易安全:登記信息的公開可以為交易雙方提供所有權狀態，保證交易安全；
3.抵押擔保:房產證明是銀行等金融機構提供貸款的重要依據，有助於權利人獲得融資；
4.繼承和贈與:不動產證明是繼承、贈與等法律行為的必要條件；
5.糾紛解決:在房產糾紛中，不動產登記記錄是法院判決的重要參考。
綜上，農村自建房要辦理不動產權證書，需要使用依法在宅基地或者其他集體所有建設用地上建設的房屋，並提交相關材料。經實地勘測審核後，由國土資源局負責登記發證，發放不動產權證書。
法律依據:
中華人民共和國民法典
第209條
不動產物權的設立、變更、轉讓和消滅，經依法登記後生效；未經登記，不發生效力，法律另有規定的除外。依法屬於國家所有的自然資源可以不登記。