全國股轉系統定位為未上市股份公司公開股份轉讓和發行融資的市場平臺，為公司提供股票交易、發行融資、並購重組等相關服務，為市場參與者提供信息、技術和培訓服務。
全國股轉系統和交易所市場在法律地位上沒有區別，主要表現在服務對象、交易制度和投資者適當性管理制度三個方面。在客戶方面，全國股轉系統主要為創新型、創業型、成長型中小企業提供資本市場服務，交易所市場主要為成熟企業服務。在交易制度方面，全國股轉系統設計了優化協議轉讓、做市轉讓、競價轉讓等靈活多樣的方式。交易所市場主要提供競價轉讓、大宗交易協議轉讓等標準化方式。在投資者準入方面，全國股轉系統實行比交易所市場更嚴格的投資者適當性管理制度。
全國股轉系統和區域性股權市場也有區別。全國股份轉讓系統是經國務院批準，由中國證監會監管的全國性證券市場。這是壹個開放的市場。上市公司的準入和持續監管由中國證監會監管，股東人數可以超過200人。交易系統的選擇沒有障礙，交易可以持續、規範。區域性股權市場是多層次資本市場的組成部分。屬於私募市場，不屬於證券市場。它由省級地方政府建立和管理。受國發[2011]38號和國辦發[2012]37號約束，其上市公司股東人數不能超過200人(“民營”)。
《全國中小企業股份轉讓系統業務規則(試行)》第2.1條規定:“股份公司申請掛牌，應當符合下列條件:
1，依法成立，存續兩年。有限責任公司按照原賬面凈資產值折股為股份有限公司的，存續期可以從有限責任公司成立之日起計算；
2.業務清晰，有持續經營能力；
3.公司治理機制健全，運作合法規範；
4.股權清晰，股份發行和轉讓合法合規；
5.主辦券商推薦並持續督導；
6.全國股份轉讓系統公司要求的其他條件。"