1，“道德草”
《道德草》是壹部寫於公元1643年(明朝崇禎十六年)的著名中醫案例書。全書不分分卷，前面有兩篇醫學論著，強調“先討論疾病，再使用藥物”，並制定了討論疾病的格式。
後來收集了60多篇內科雜病疑難醫案。每個病例描述了患者的發病、癥狀體征、病情變化及治療過程，分析了病因病機，闡明了治療方法和方藥，並通過提問討論了其重點和難點。
本書選案典型，描述完整，分析準確，辨證準確，善用古方，用藥靈活，見解獨到，在醫案著作中具有相當的影響力，對中醫的學習、研究和臨床具有指導意義。
2、《傷逝》
《傷寒論》是醫家的經典之作。全稱是《論張仲景的傷寒論》，共8卷，分上下兩部分。
前四卷為《傷寒論編》，詳細論述了傷寒六經的辨證論治，後四卷為《傷寒論後編》，宣傳春夏秋濕熱病，以及溫病方藥，並附有與弟子討論的文章。
3.醫療法
這本書分為六卷。第壹卷闡述了四診、內經、仲景的理論和規律。卷二至卷六分為中寒、中氣門、熱、濕、暑、傷燥、瘧證、痢疾、痰、咳、海關、口渴、乏力、水腫、黃疸、疔瘡六大類。
每門之下，先論病因病機，辨證論治，後立法，最後附方子。法是討論辨證論治的原則性和靈活性，法是指出醫療差錯的原因和醫生的罪責。
擴展數據:
除了行醫，余還把主要精力放在著書立說和教導徒弟上。著有《道德草》、《傷寒論篇》、《醫法》三部著作出版。
《道德草》是余的第壹部醫學著作，也是中國醫學史上較早、較著名的個人定制病歷。初版於1643年(明朝崇禎十六年)。它以筆記的體例寫成，書前有兩篇醫學論著，強調“先討論病情，後服藥”的診療程序，自行定義討論病情的格式。
然後，我記錄了60多篇疑難醫案，其中詳細記錄了病因和病情，論述了辨證細節，指出了每壹個病例的重點和難點，有很多獨到的見解。
同時，書中還記載了中國早期人工接種疫苗預防天花的案例。《傷寒論》的全稱是《傷寒論》,又稱《傷寒論》。最早出版於1648年(清順治五年)。
本書主要參照明代方友之《傷寒論》編撰，但編撰時代不同，內容也有所補充。卷首有六經醫論，如《論張仲景(傷寒論)大意》後，對傷寒六經的治療進行了詳細論述。
書中論述了六經，以太陽經為綱，太陽經也是以風傷守、寒傷營、寒傷守營為綱。也認為《傷寒論》397條是397法，轉移到大綱下。
於的這壹觀點已成為傷寒論研究中的壹個重要流派。《醫法》是壹本綜合性的醫學書籍，最早出版於1658。
此書結合臨床癥狀、體征，積極闡述辨證論治規律，稱“法”；同時指出普通醫生在臨床辨證治療中容易出現失誤，表明禁止，稱之為“法”。
以法和法律的形式確立醫療執業的規範，所以標題為《醫事法》。這三部著作集中體現了於的學術思想，奠定了他在中國醫學史上的地位。
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