遲到扣工資是違法的，普通用人單位無權罰款，但可以扣除相應時間未提供的勞動的工資。同時，因勞動者自身原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可以通過扣除工資的方式予以賠償，但每月扣除部分不得超過勞動者本人月工資的20%。相關法律法規並沒有賦予企業罰款的權利。罰款本質上是壹種剝奪員工財產權利的行政處罰。根據相關行政法，只有法律授權範圍內的行政機關才有行政處罰權，企業作為營利性組織，沒有罰款權。
員工遲到可按以下方式處理:
1.出勤獎勵方法建立出勤獎勵。當月無遲到、曠工，發考勤獎，否則不發考勤獎；與罰款和紅包相比，這是壹種正向激勵方式。伴隨著考勤獎，每月還可以公布考勤獎名單，讓員工有榮譽感，實現經濟和精神的雙重滿足；
2.績效掛鉤法如果公司有員工績效，考勤可以作為績效考核的壹部分。不管多少，對於績效，員工都希望得到越來越多，能多掙點就多掙點；
3、規章制度法公司規章制度中包括遲到相關事項，如遲到壹次，不請示，遲到兩次部門警告，連續遲到三次嚴重警告，累計記過多少次視為嚴重違反公司規章制度，依據相關法律解除合同；
4.對於他的遲到造成的經濟損失，他有權根據合同扣除相應的工資作為懲罰。
綜上，根據法律規定，可以知道對員工遲到進行罰款是違法的。法律法規沒有賦予企業罰款的權利。只有法律授權範圍內的行政機關才有權實施行政處罰。企業作為營利性組織，無權進行罰款。但員工無正當理由遲到，給用人單位造成經濟損失的，用人單位可以采取懲罰性方式扣除員工工資。此外，勞動者還應賠償損失，用人單位也可以與勞動者解除勞動合同。
法律依據:
《工資支付暫行規定》第十六條
因勞動者自身原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可以要求其按照勞動合同約定賠償經濟損失。經濟損失賠償可從員工本人工資中扣除。但每月扣除額不得超過員工當月工資的20%。扣除的富余工資低於當地月最低工資標準的，按照最低工資標準支付。