員工手冊是企業制度。如果違反，要根據具體情況分別對待。如果不能違反，合同將被終止。企業應在合同中註明，與合同有什麽樣的聯系。
用人單位建立和完善勞動規章制度屬於企業自治範疇。但由於用人單位往往以利潤最大化為最終目標，所以在各方面節約成本、拓展交易空間是必然的措施。而勞動者處於員工的地位，處於弱勢，維權意識低，受經濟因素制約，用人單位在制定或變更規章制度時，很難充分保護自身利益。因此，《中華人民共和國勞動合同法》第四條明確規定，“用人單位應當依法建立、健全勞動規章制度，保障勞動者享有勞動權利，履行勞動義務。用人單位制定、修改或者決定勞動報酬、工作時間、休息休假、勞動安全衛生、保險福利、職工培訓、勞動紀律、勞動定額管理等直接關系勞動者切身利益的規章制度或者重大事項時，應當與職工代表大會或者全體職工討論，提出方案和意見，與工會或者職工代表平等協商。在執行規章制度和重大問題的過程中，工會或職工認為不適當的，有權向用人單位提出，通過協商修改完善。用人單位應當將直接涉及勞動者切身利益的規章制度和重大事項予以公布，或者告知勞動者。"
根據《勞動合同法》第三十九條規定，有下列情形之壹的，用人單位可以解除勞動合同: (壹)勞動者在試用期內被證明不符合錄用條件的；(二)嚴重違反用人單位規章制度的；(三)嚴重失職、營私舞弊，給用人單位造成重大損害的；(四)勞動者同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出拒不改正的；(五)因本法第二十六條第壹款第壹項規定的情形致使勞動合同無效的；(六)被依法追究刑事責任的。第六條規定被依法追究刑事責任的，用人單位可以解除勞動關系，但妳被法院免予刑事處罰。如果用人單位解除勞動關系明顯違法，可以提起勞動仲裁。
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法律依據:
勞動合同法
第三十九條有下列情形之壹的，用人單位可以解除勞動合同:
(壹)在試用期內，被證明不符合錄用條件的；
(二)嚴重違反用人單位規章制度的；
(三)嚴重失職、營私舞弊，給用人單位造成重大損失的，陪攤年；
(四)勞動者同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出拒不改正的；
(五)因本法第二十六條第壹款第壹項規定的情形致使勞動合同無效的；
(六)被依法追究刑事責任的。