海洋學和漁業研究所
浙江省海洋水產研究所，成立於1953，是壹家以海洋漁業研究為主的公益性省級科研機構。研究單位以海洋漁業資源與生態、海水養殖、海洋與漁業環境、水產品加工及質量安全研究與服務為重點，同時開展海水養殖病害防治、海洋捕撈、遠洋捕撈、船舶工程設計等相關領域的社會公益工作。2001浙江海洋大學成立，由浙江海洋大學和浙江省農業農村廳共同管理。研究院下設漁業資源與生態實驗室、水產養殖實驗室、水產品加工與質量安全實驗室、海洋與漁業環境實驗室、船舶工程設計院和西宣漁業科技島(西宣試驗場)。
海洋國家設施養殖工程技術研究中心(創新應用研究所)
國家海洋設施養殖工程技術研究中心於2011年2月經科技部批準成立，總建築面積12000平方米，設備總價值3500多萬元。
目前R&D技術人員115人，其中固定人員75人，流動人員40人，其中高級職稱29人，副高級職稱28人。歐亞科學院院士1人，國家QR計劃獲得者1人，中組部專家1人，國務院特殊津貼獲得者3人，高校中青年學科帶頭人10人。浙江省“151”新世紀人才、舟山市“111”人才近30人。
該中心擁有浙江省海水養殖重點科技創新團隊，研究方向和團隊14。設有11分室，包括公共檢測中心、養殖工程裝備技術實驗室、智能養殖裝備技術實驗室、種苗養殖工程技術實驗室、精準養殖工程技術實驗室、養殖環境工程技術實驗室、營養與飼料加工實驗室、水產養殖水產品加工與深加工技術實驗室、冷鏈物流與儲運技術實驗室、海洋功能材料工程技術實驗室、海洋調查與評價技術實驗室。
海洋高等教育學院
高等教育研究所的職責，建立健全規章制度和管理辦法，按章辦事。開展高等教育理論和實踐研究，組織學校改革發展重大問題和重要決策的研究論證。加強與高等研究機構和其他大學的業務聯系和學術交流。管理高等教育科研項目，評選和推薦高等教育科研成果獎。組織和開展高等教育科學研究學術活動。