仲裁委員會在組織機構上采取委員會制，設主任壹人，副主任若幹人，委員若幹人；主任履行仲裁規則賦予的職責，副主任受主任委托可以履行主任的職責。
仲裁委員會會員大會和分會設秘書處和書記處，各設秘書長壹人，副秘書長若幹人。在會員大會秘書長和分會秘書長的領導下，會員大會和分會秘書處負責處理會員大會和仲裁委員會分會的日常事務。
仲裁委員會還設立了三個專門的仲裁委員會:專家咨詢委員會、案例編輯委員會和仲裁員資格審查委員會。
專家咨詢委員會負責對仲裁程序和實體中的重大疑難問題進行研究並提供咨詢意見，對仲裁員的培訓和經驗交流、仲裁規則的制定和修訂提供咨詢意見，對仲裁委員會的工作和發展提出建議。
案例編輯委員會負責案例編輯和仲裁委員會年度版。
仲裁資格審查委員會依照仲裁法和仲裁規則的規定，對仲裁員的行為進行監督檢查，並對仲裁員的聘任提出建議。
總仲裁委、華南分會、上海分會、湖北分會、浙江分會根據當事人約定的仲裁條款/仲裁協議，受理當事人提起的國際、涉外、國內仲裁案件。
仲裁委員會設立域名爭議解決中心和發展改革委，負責解決各類域名爭議。2005年7月5日，域名爭議解決中心開始使用“中國國際經濟貿易仲裁委員會網上爭議解決中心”的名稱，全面覆蓋域名爭議解決中心的業務，並進壹步發展電子商務在線調解、在線仲裁等其他在線爭議解決服務，為廣大當事人提供快捷高效的在線爭議解決服務。
仲裁委員會、中國糧食行業協會和國際貿易促進委員會糧食行業分會共同建立了糧食糾紛仲裁中心，通過仲裁解決糧食行業的所有糾紛。
仲裁委員會在當地貿促會和經濟發達的城市設立了仲裁辦公室。辦事機構是仲裁委員會的專業聯絡宣傳機構，從事仲裁和仲裁協議的宣傳咨詢工作，不受理仲裁案件。