中東研究室主要從事中東政治、經濟、國際關系領域的研究，兼顧歷史、社會、文化方面的研究。在框架體系、政治制度、大國與中東關系、阿以沖突與中東和平進程、中東經濟、石油能源安全、國家經濟等中東地區綜合研究方面具有優勢，並將逐步拓展對中東國家歷史、社會、文化的研究，加強跨學科綜合研究。
非洲研究室以非洲政治經濟為研究重點，在非洲民族解放運動、非洲社會主義、非洲政治改革與民主化、部落主義與傳統文化、非洲經濟發展戰略、中非經濟合作理論與實踐、非洲市場經濟體制、非洲經濟調整與可持續發展等方面的研究具有明顯優勢。我們正在加強政治、經濟的綜合研究，兼顧非洲社會、歷史、民族、文化的研究，逐步建立有中國特色的非洲學。
國際關系研究室主要研究區域內國家之間的關系、跨區域國家之間的關系(特別是大國與中東和非洲國家之間的關系)以及中東和非洲地區區域層面的大國之間的關系，特別是關註相關國家的利益和外交政策、跨區域的經濟、社會和政治發展趨勢、超國家的宗教、民族和意識形態趨勢以及影響整個地區安全與穩定的主要因素。
社會和文化研究辦公室成立於2004年3月。主要研究西亞非洲的歷史、民族、宗教、社會、文化，強調並註重跨學科、綜合性的研究。社會文化研究室現有的研究人員都有自己的專業領域。研究室還鼓勵研究人員根據自己的研究興趣從事研究，同時根據研究所的需要，學科建設的需要，設計、組織和實施壹些集體研究項目。
南非研究中心主要以南非和南部非洲其他同樣發展的國家為研究對象，對其政治經濟發展進行綜合研究。在長期跟蹤研究的基礎上，我們對南非、津巴布韋等重點國別研究、南部非洲資源與市場、區域經濟壹體化途徑、南部非洲國家間關系等方面的研究在國內處於領先地位，對南非等南部非洲國家的數據系統性積累優勢明顯。該中心還就南非和南部非洲的社會和市場向社會各界提供建議。
海灣研究中心該中心成立於9月1995。